施工企业工程款的支付经常性滞后，且完工后的价款支付时还需扣除预留质量保证金等，导致建筑企业需要垫付未收回款项工程的税金。
同时，由于建筑施工企业可能对分包商、材料商拖延付款，得不到其开具的增值税发票，导致无法进行抵扣，要抵扣就要及时付款，加大垫资的强度。这些都会导致企业经营性现金流量支出增加，加大企业资金紧张的局面。
营业税改增值税后，变更了应缴税款计算方式，直接引起企业缴税款数额的变化。理论上，税制变革后，税负可能会下降。由于建筑行业的特点，建筑行业获取有效的增值税进项抵扣发票存在困难：
第一，建筑施工企业属于劳动密集型行业，人工成本一般占到总成本的20%-30%， 但是巨额的人工成本无法抵扣销项税额。
第二，与制造业不同，建筑施工项目具有工期长、流动性大、施工地域广、材料品种多等特点，许多原材料都是从小规模企业和个体工商户的购买的，大量的上述供应商尚未纳入增值税的征收范围，处于增值税抵扣机制的循环之外，难以提供能够进行抵扣的发票。
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